gzip -c sitemap.xml > sitemap.xml.gz
-c 圧縮ファイルの内容を標準出力に書き込む。元ファイルには変更を加えない
Linuxコマンド集 - 【 gzip 】 ファイルを圧縮・展開する（拡張子.gz）：ITpro
gzip コマンドって、標準では元ファイルを削除するというのを知らずにしばらく悩みました。
<?php
shell_exec("gzip -c sitemap.xml > sitemap.xml.gz");
PHPから呼び出すサンプル
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