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・１つ全体でビューを一つ作る
・各サイトにビューを作って、そのビューでフィルターを設定する
普通にプロファイルを作成するとViewが１つできますので、それには何もフィルターをかけずに残しておくのが後々のために良いかと思います。
・個別のビューでサブドメインをトラッキングする
www.example.com、help.example.com、info.example.com をトラッキングし、それぞれ個別のレポートを作成する場合は、ドメインごとにビューを作成し、一致フィルタを使用して特定のサブディレクトリのデータのみを返すように設定すると簡単です。
ビューフィルタについて - アナリティクス ヘルプ
公式のヘルプにも書かれているのでそれを参考にしてみてくださいね。
手順
通常通り作成した後に、サイト（サブドメイン）分だけビューを追加します。
ビューの追加は、ビューの選択コンボボックスを開くと下のほうに「新しいビューを作成」というのがあるのでクリックします。
ビューの設定をした後に、フィルターの設定をします。
フィルターの設定は、こんな感じですね。
・「右のみを含む」「ホスト名へのトラフィック」「次を含む」
・サイトのURLのトップアドレス
※「次を含む」は「等しい」でも問題ないかとは思います。
■参考
・プロファイルに基本的なフィルタをかける［第6回］ | Googleアナリティクスとは／衣袋教授のGoogleアナリティクス入門講座 | Web担当者Forum
・アライブパソコン教室ブログ : Google Analyticsでサブドメインを別にしてレポート作成
・特定のサブドメインの集計 - Google プロダクト フォーラム
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